הטיפול התרופתי מתחלק לשלב השראת ההפוגה (רמיסיה) בה משתלטים על הדלקת ולשלב האחזקה בו ממשיכים עם טיפול תרופתי לצורך שמירה על הרמיסיה לאורך זמן.
מחלקת קרוהן
שלב השראת הרמיסיה: במצבים בהם לא יכולים או לא מוכנים המטופלים לקבל את הטיפול התזונתי הבלעדי/החלקי הטיפול המועדף יהיה סטרואידים, כאשר המחלה בדרגה בינונית או חמורה. אם המחלה ממוקמת במעי דק סופי ו/או במעי הימני ניתן לתת בודזון שהוא סטרואיד העובד מקומית באזורים אלו
והוא בעל פחות תופעות לוואי בהשוואה לסטרואידים הקונבנציונליים. במצבים קשים יותר יש צורך באשפוז וקבלה של הסטרואידים דרך הוריד. החסרון המשמעותי של הסטרואידים הוא תופעות הלוואי.
שלב האחזקה: לאחר שהמחלה נכנסה למצב רגיעה (רמיסיה) מומלץ ברוב המקרים טיפול אחזקתי בתרופות המדכאות את מערכת החיסון (אימונומודולטריות) כמו אימורן, פוריניטול או מטוטרקסט שהן יעילות בשמירה על רמיסיה, עוזרות בריפוי רירית ומפחיתות את סיבוכי המחלה.
משפחה נוספת של תרופות הן התרופות הביולוגיות: נוגדנים המנטרלים -ADALIMUMAB או INFLIXIMAB את אחד מגורמי הדלקת המשמעותיים ביותר הקרוי תרופות אלו הוכחו בעיקר במניעת או .TNF ALPHA סגירת פיסטולות (חיבורים שנוצרים עקב התהליך הדלקתי בין מעי למעי, מעי לעור, שלפוחית שתן או
נרתיק).
במצבים בהם אין תגובה לטיפול הנ"ל או שהתגובה מתפוגגת ניתן להיעזר בתרופות ביולוגיות מקבוצות .VEDOLIZUMAB או USTEKINUMAB אחרות כמו במקרים קשים שלא מגיבים גם לטיפולים אלו או בהם המחלה מוגבלת במיקומה במעי קיימת האופציה של ניתוח. טיפולים אנטיביוטיים שונים גם יכולים להועיל
אך יעילותם מוגבלת והם משמשים בעיקר להתמודדות עם סיבוכים זיהומיים כמו אבצסים.
מחלת קוליטיס כיבית
הטיפול במחלה תלוי בחומרתה ובמיקום התהליך הדלקתי.
שלב השראת הרמיסיה: כאשר המחלה לא מפושטת וקרובה יחסית לפי הטבעת ניתן לעתים להסתפק בטיפול מקומי (נרות או חוקנים) של תכשיר נוגד 5 ומוכר כרפאסאל ASA דלקת דומה לאספירין הקרוי או פנטסה או טיפול מקומי בסטרואידים הניתנים גם הם בחוקן או בנר. כאשר המחלה מפושטת יותר.
,5ASA הטיפול ניתן לרוב דרך הפה בתרופות מקבוצת או בסטרואידים כאשר המחלה חמורה יותר. במצבים קשים יותר יש צורך לאשפוז ומתן של הסטרואידים דרך הוריד. יש מצבים בהם המחלה לא מגיבה לטיפול ואז יש צורך במתן תרופות ביולוגיות כמו .CYCLOSPORIN או מתן INFLIXIMAB
שלב האחזקה: לאחר שהמחלה נכנסה למצב של רגיעה (רמיסיה) מומלץ טיפול אחזקה דרך הפה .5ASA בתרופות מקבוצת לעתים תרופות אלו אינן מספיקות ויש צורך במתן תרופות אימונומודולטוריות. אופציות טיפוליות נוספות הן תרופות ביולוגיות. בשנים האחרונות פותחו תרופות מקבוצת מולקולות
קטנות הנתנות דרך הפה ומשמשות עוד קו טיפולי במחלות אלו.