מחלקת כירורגית ילדים מבצעת מגוון רחב של ניתוחים בילדים, ביניהם: ניתוחי בטן וחזה עקב מומים מולדים, ארועים חבלתיים או גידולים. ניתוחי בקע ואשכים טמירים, לרבות ברית מילה.
המחלקה מתמחה בניתוחי בטן וחזה בשיטה הזעיר פולשנית, כאשר חלק מהניתוחים, כגון: הזעת יתר בכפות הידיים, כריתת תוספתן וכיס המרה, מתבצעים בשיטה הלפרוסקופית.
מחלקת כירורגית ילדים רמב"ם, צברה ניסיון רב וייחודי בטיפול בילדים שנחבלו והיא מהמובילות בארץ, במתן טיפול ניתוחי לילדים הסובלים מגידולים.
דגש מיוחד ניתן במחלקה למומים מולדים בפי הטבעת, המתבטאים באי שליטה ביציאות או עצירות קשה. בעיות אלו, הנצפות גם ללא קשר למום מולד, מאובחנים ומטופלים טיפול שמרני במרפאה לשליטה בסוגרים ובמידת הצורך, גם ע"י תיקון ניתוחי.
בנוסף, עוסקים רופאי המחלקה כירוגית ילדים בהדרכה בביה"ס לרפואה והסיעוד, כמו גם בעריכת מחקרים, ביניהם: מחקר על השימוש בתאי אב לשחזור תאי כבד הרוסים, במטרה למצוא תחליף להשתלות כבד.