מחלקת עיניים עוסקת בניתוחי עיניים וטיפול בבעיות מורכבות או כאלו הנדרש להן מעקב והשגחה צמודה. במחלקה מתבצעים כל מגוון הניתוחים לחלק הקדמי של העין, המוכר ברפואת עיניים: ניתוחי ירוד, השתלות קרנית, ניתוחי גלאוקומה, שיקום והסרה ניתוחית של נגעים. כמו כן, מטפלים במחלקה באוקולופלסטיקה, ברשתית-זגוגית וכן בילדים, כולל ניתוחי פיזול, טיפול כירורגי בנגעים ומחלות מולדות.
מחלקת עיניים עושה שימוש נרחב בטכנולוגיות מהמתקדמות בתחום, כגון: מערכת ייעודית לניתוחי רשתית-זגוגית, המאפשרת כירורגיה מורכבת במעמקי העין. מערכת דיגיטאלית לצילומי רשתית, מכשיר למיפוי ממוחשב של פני הקרנית, פכימטר לקביעת עובי הקרנית, מכשיר ממוחשב לבדיקת שדה ראייה, רפרקטומטר ממוחשב ועוד.
המחלקה מבצעת טיפולים מתקדמים גם במסגרת אשפוז יום, כולל טיפולי לייזר והזרקות לזגוגית. במקרים של העדר שיתוף פעולה, כמו עם ילדים או מטופלים עם עיכוב התפתחותי, מבוצעות הבדיקות המורכבות בהרדמה כללית.
מחלקת עיניים משמשת מרכז יעוץ שלישוני למחלקות העיניים של בתי-החולים בצפון הארץ.