פרופ' יהודה חוברס שימש כמנהל אגף המחקר ברמב"ם וכמנהל המכון הגסטרואנטרולוגי בבית החולים עד שנת 2021. הוא חבר בסגל הטכניון ובמכון המחקר של בית החולים (CRIR).
שטחי המחקר העיקריים בהם הוא מתעניין כוללים רפואה מותאמת אישית, טיפולים במחלות מעי דלקתיות, ניטור טיפול תרופתי ואינטראקציה של מערכת החיסון במעי עם חיידקי המעי.
שטחי העניין הקליניים העיקריים כוללים מחלות מעי דלקתיות ונזקי קרינה למעי.
פרופ' חוברס חבר באיגוד האירופאי למחלות מעי דלקתיות, באיגוד הישראלי והאמריקאי לגסטרואנטרולוגיה ובהסתדרות הרפואית בישראל. הוא משמש כיו"ר החוג למחלות מעי דלקתיות. בעבר ייצג את האיגוד האירופאי למחלות מעי דלקתיות במועצה המדעית של האיגוד האירופאי לגסטרואנטרולוגיה, כעורך שותף של ה JCC וכחבר במועצת העורכים של GUT.
לפרופ' חוברס מעל 120 מאמרים שפורסמו בספות הרפואית והוא משמש כסוקר במספר עיתונים מובילים בתחום הגסטרואנטרולוגיה.
