המעבדה האנדוקרינולוגית, שהינה חלק אינטגרלי מהמכון האנדוקרינולוגי, מבצעת בדיקות שגרה של הורמונים ובדיקות מיוחדות באנדוקרינולוגיה כללית ובאנדוקרינולוגיה מולקולרית.
המעבדה מבצעת בדיקות עבור המחלקות השונות בביה"ח, אנשים פרטיים, מרפאות חוץ וגורמי חוץ, כמו: בתי חולים אחרים בארץ (מבאר שבע ועד צפת), מרפאות שרותי בריאות כללית, מכבי, מאוחדת ולאומית.
במרץ 2006 הוסמכה המעבדה ע"י הרשות הלאומית להסמכת מעבדות בישראל (ISRAC).
במעבדה האנדוקרינולוגית מתבצעים מחקרים רבים ומגוונים בתחומי הבסיס המולקולרי לפעילות האינסולין, סוכרת, השמנה ומצבי תנגודת לאינסולין, ריפוי גני בסוכרת, וכן מחקרים קליניים בסוכרת והשמנה לפיתוח תרופות חדשות.
כמו כן, המעבדה מנחה סטודנטים לתארים גבוהים בפקולטה לרפואה- טכניון חיפה.
