המעבדה לפתולוגיה הינה חלק בלתי נפרד מהמכון הפתולוגי. במעבדה מתבצעים עיבוד, חיתוך וצביעת התכשירים, לשם בדיקה מיקרוסקופית על ידי רופאי המכון.
המעבדה פעולת תחת תו התקן הבינלאומיISO 9001 :, החל משנת 2002.
הבדיקות במעבדה לפתולוגיה נעשות על חומר שעבר קיבוע בפורמלין - המגיע מרוב המרפאות והמחלקות בבית החולים רמב"ם וגם מחוצה לו - וכן על חומר טרי המגיע מחדרי הניתוח, על מנת לתת מענה על שאלות המתעוררות במהלך הניתוח.
בנוסף לצביעה הרגילהH&E -, נעשות גם צביעות היסטוכימיות לאיתור חידקים, פטריות, שקיעת חומרים שונים ברקמה וזיהוי מרכיבים של תאים. כמו כן, נעשות גם צביעות אימונוהיסטוכימיות לשם איפיון סוגים שונים של גידולים, גילוי מקורם של גידולים וגרורות ברקמה, המצאות קולטנים לאסטרוגן, פרוגסטרון ו-HER2 שמהווה חלק מכריע בקביעת תוכנית טיפולית בסרטן.
צוות המעבדה פועל גם בשיטות נוספות המאפשרות אבחון מיוחד ומדויק.
המעבדה מהווה חלק פעיל בהוראת סטודנטים לרפואה בפקולטה לרפואה של הטכניון.
צוות המעבדה שותף במחקרים רבים הנערכים על ידי החוקרים והרופאים של בית החולים רמב"ם והפקולטה לרפואה, וכן על ידי חברות חיצוניות.
