המעבדה המיקרו-ביולוגית עוסקת באבחון פתוגנים, כמו חיידקים, פטריות ופרזיטים, מתוך מגוון דגימות קליניות מחולים החולים במחלות זיהומיות.
עבודת המעבדה נערכת במספר יחידות, בהתאם לתחומי פעילותה. היחידות הפועלות בתוך המעבדה המיקרוביולוגית הן: תרביות שחפת, תרביות דם, סרולוגיה, אבחון מולקולארי, תרביות דרכי נשימה, תרביות שונות, תרביות שתן ופטריות.
המעבדה פעולת תחת תו התקן הבינלאומיISO 9001 :, החל משנת 2001. כמו כן, משתתפת המעבדה במבחנים חיצוניים של ה- College of American Pathologists.
צוות המעבדה מעורב במחקרים רבים הנעשים בתחומו, תוך שיתוף פעולה עם חברות, רופאים וחוקרים אחרים או באופן עצמאי. תחומי המחקר העיקריים הם:
- פיתוח אמצעי אבחון מהירים ומדויקים, לאבחון מחלות זיהומיות ובדיקת התועלת הקלינית.
- בירור מנגנוני עמידות של חיידקים לתרופות אנטיביוטיות.
- מחקרים אפידמיולוגים הסוקרים התפרצויות של חיידקים, בירור מקורן ואפיון אוכלוסיות חיידקים המעורבות במצבים קליניים שונים.