היחידה לאפידימיולוגיה קלינית עוסקת בחקר תפוצת מחלות וגורמי הסיכון להם ומקדמת את המחקר בבריאות הציבור.
יעודה העיקרי הוא מניעת תחלואה. היחידה מתמקדת בזיהוי גורמי סיכון לבריאות הציבור וביצירת אומדני בריאות, באמצעות פיתוח שיטות של קבלת החלטות קליניות, על בסיס רב תחומי, אשר מדגיש את הרפואה המונעת וממזג מחקר עם עבודה קלינית.
בין המחקרים בהם עוסקת היחידה: הערכת פציעות חיילים ואזרחים, מדדים להערכת בדיקות מעבדה ובדיקות אבחנתיות של רופאים, הערכת פעילות מחלקות בבית החולים ועוד.
לצורך עבודתו, משתמש צוות היחידה בטכנולוגיה ממוחשבת מתקדמת, הכוללת תוכנות עיבוד נתונים, כדוגמת: CIA ,EPIINFO ,NCSS ,SPSS.
במקביל, עוסקת היחידה לאפידימיולוגיה קלינית, גם בפעילות משולבת עם ביה"ס לבריאות הציבור של אוניברסיטת חיפה.
