ביום הבדיקה:
יש לבצע חוקן ניקוי, אותו ניתן לרכוש בבית המרקחת.
חשוב להגיע בלוית אדם נוסף, בשל השפעת זריקת ההרדמה.

במהלך הבדיקה
בדיקת קולונוסקופיה נמשכת כ-20 דקות ומתבצעת בשכיבה על הצד, תחת הרדמה באמצעות זריקת הרגעה.
אחות המכון לגסטרואנטרולוגיה תחבר לאצבע שלכם מכשיר קטן, המנטר דופק ורמת חמצן בדם ומגביר את בטיחות הבדיקה. תוספת חמצן תינתן לפי הצורך.
בכדי שהרופא המבצע את הבדיקה יוכל לראות היטב את המעי, הוא מחדיר לתוכו אויר הגורם לניפוח המעי ומאפשר הסתכלות אופטימאלית. פעולה זו עלולה לגרום לאי נוחות זמנית. בכדי לשחרר את הלחץ שנוצר מ'ניפוח' המעי, יוחדר צינור דק דרך פי הטבעת. את הצינור תוכלו להוציא לבד לאחר שתתעוררו.
לאחר מכן, יוחדר הקולונוסקופ דרך פי הטבעת ובאמצעותו יסתכל הרופא על החלק הפנימי של המעי הגס ויטפל במה שנדרש.

לאחר הבדיקה
עם סיום הבדיקה תועברו לחדר התאוששות
לאחר שתתעוררו תקבלו שתייה ותתבקשו לנוח בין 30 ל-60 דקות.
אם נלקחו דגימות למעבדה או שעברתם כריתת פוליפ, יתכן ויופיע דימום. אם מדובר בדימום שעולה על מספר טיפות ספורות, יש לפנות לחדר המיון בקריה הרפואית לבריאות האדם, רמב"ם.
לעיתים מופיעים כאבי בטן במשך יום או יומיים, כתוצאה מ'ניפוח' המעי. אם כאבי הבטן חזקים ובלתי נסבלים, יש להתקשר למכון לגסטרואנטרולוגיה או לפנות לחדר המיון.
זריקת ההרגעה שקיבלתם תשאיר אתכם מטושטשים למשך כל היום, לכן אסור לנהוג ולשתות משקאות חריפים כ-12 שעות לאחר הבדיקה.
הוראות אכילה לאחר הבדיקה יינתנו ע"י הרופא.